针对专科疾病和专门治法的临床特点，重点从"专科疾病辨证规律"和"专科病证辨证机理"两方面开展中医肝病科、眼科、儿科等专科疾病辨证规律的临床研究，总结归纳具有不同专科特征的专科辨证学。本方向在眼科方面已系统开展眼底病的治疗成就和青光眼、玻璃体积血、视网膜脱离等难治性眼病中医病机的实验研究，探讨了滋阴活血明目、活血利水明目等法则治疗该类眼病的分子机理。在儿科方面以小儿肺系疾病的及小儿脾胃疾病为主要研究方向，重点研究小儿哮喘病、肺炎喘嗽、小儿泄泻三个病种，在辨证论治的基础上，以汤药治疗为主，并结合中药经皮给药治疗、雾化吸人、敷贴疗法等特色治疗。肝病方面重点研究慢性重型肝炎、肝纤维化、肝癌等疾病的中医证治机理、辨证论治规范、诊疗方案、临床疗效、中药新药等诸多方面。该方向参与制定了中华人民共和国国家标准《中医临床诊疗术语》中眼科和肝病部分。
现阶段学术带头人彭清华教授、孙克伟教授、王孟清教授，学术骨干赵新广、谢小兵、陈斌、谢静等。研究重点为眼底病证机理及提高临床疗效，以保持、发展原有的眼底病中医医疗优势，充分体现国家眼底病中医医疗中心的学术领先地位，并由此而带动该学科整体学术水平的提高。结合临床需要，积极开展疗效机理研究，以利于进一步提高临床治疗水平，更好地开发新药，努力将现有的院内专科制剂产品转化为市场商品，达到社会效益和经济效益的双赢局面。在儿科方面，将中医诊断学方法应用于儿科临床，对儿科常见病如肺炎喘嗽、哮喘、手足口病等中医证候特征、证治规律进行了研究，同时将现代医学手段运用于儿科疾病的辨证中，如将彩色多普勒超声检查应用于小儿急性肠系膜淋巴结炎辨证中。在肝病研究方面，对慢性肝病进行中医辨证论治规范化研究，建立肝病临床信息数据库，制订中医特色鲜明的临床诊疗术语及指南，形成规范的中医辨证论治体系。
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