基础医学院的前身—基础部组建于1984年，1986年7月设立了中医基础理论研究所， 1997年正式挂牌成立了基础医学院。按照把学院办成国内外知名、在全国高等中医院校中处于领先地位的中医、西医基础教育的发展理念，经过广州中医药大学基础医学院全体教职员工长期艰苦努力，团结奋斗，各项事业蓬勃发展。 现有2个学科群，18个科室，1个国家级重点学科，1个省级重点学科，3个校级重点学科; 3门省 级精品课程(中医基础理论、中医诊断学、内经)，3门校级精品课程(人体解 剖学、生理学、各家学说); 3门省级重点课程(中医诊断学、内经、生理学) ，3门校级重点课程(中医基础理论、人体解剖学、医古文)。现有国家级学科学术带头人5名，校级学科学术带头人1名; 学校首席教授2名，广东省名中医1 名。首届国家级高等学校教学名师1名，全国师德建设先进个人1名，享受国务院颁发的政 府特殊津贴专家5名，广东省高等学校教学名师2名，广东省师德建设先进个人1名，广东省劳动模范1名，广东省南粤优秀教师5名，广东省南粤教坛新秀1名，新南方教学奖(优秀教师)8名。现有省教育厅重点实验室1个，省实验教学示范中心1个。
学院现有在编教职员工共124人，其中专任教师105人，教辅人员15人，专职行政管理人员4人，另有合同制员工5人。教授和研究员21人，副教授和副研究员38人，讲师、助理研究员和实验师60人，助教5人。目前学院专任教师中，具有博士学位者共56人(包括1名博士后)，占53.33%，具有硕士学位者37人(其中9人正在攻读博士学位)，占35.24%; 具有学士学位者12人(其中4人正在攻读硕士学位)，占11.43%。作为学校二级教学科研单位，主要承担学校各层次、各专业的中医、西医基础课的教学任务以及中医药科研工作，每年承担学校各专业本科生约2万学时的教学任务。
为了不断提高业务水平，更好地为本科教学服务，学院广大教师和教辅人员积极投身于科学研究工作之中。近年来(2003年)，学院承担各层次科研课题共有 140项，科研经费合计765.99万元人民币，其中，973项目(子项目)1项，" 十一五" 国家科技支撑计划中医药领域项目1项，国家自然科学基金项目 20项，教育部博士点基金2项，新世纪优秀人才支持计划1项，广东省自然科学基金管理委员会团队项目1项，横向课题8项。获校级以上科研成果共23项，专利4项，其中国家科技进步三等奖1项，广东省科学技术奖励二等奖3项，三等奖1项，广东省中医药科技进步一等奖1项，三等奖1项。
学院于1978年获得硕士学位授予权，1987年获得博士学位授予权，现有8名博士生导师，29名硕士生导师。现有4个博士点(中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献、中西医结合基础)，4个硕士点(中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献、中西医结合基础)，并设有2个博士后科研流动站。学院现有在校研究生176人。研究生获得：" 广东省优秀博士学位论文奖" 、" 广东省中医药优秀研究生学术论文奖" 、" 靳瑞优秀博士学位论文奖" ; 在集体及个人荣誉方面获得：" 南粤优秀研究生" 、" 优秀研究生会" 、" 优秀团支部" 、" 优秀研究生会干部" 、" 优秀党员" 、" 优秀团员" 等称号; 在奖学金评比当中，多人多次获得：" 求是研究生奖学金" 、" 一方研究生奖学金" 、" 仲景研究生奖学金" 、" 荔博园奖学金" 、" 同兴奖学金" 、" 台湾校友奖学金" 、" 优秀毕业生" 等各级各类奖学金。
